சுமார் முந்நூறு வருடங்களுக்கு முன்னர் சோழ நாட்டிலிருந்து வந்த காசிப கோத்திர மூத்த அந்தணர்கள் புன்னாலைக்கட்டுவன் ஆயக்கடவைப் பகுதியில் குடியேறியபொழுது அதனருகே அமைந்திருந்த ஆயாக்குளத்திற்கு மேற்குக் கரையில் கருங்கல்லிலான ஒரு விநாயகர் விக்கிரகம் இருப்பதனைக் கண்டு அவ்விக்கிரகத்தை அங்கேயிருந்த ஆலமரத்தடியில் குமாரசாமி ஐயர், சோமையர் ஆகியோரால் ஸ்தாபித்து தினந்தோறும் சிறப்புற பூசை வழிபாடுகளையும் நிகழ்த்தி வந்தனர். பின்னர் சோமையர், சங்கரஐயர் முதன் முதலாக மண்ணாலான கோயிலை அமைத்தார் என இவ்வாலயத்தின் ஆரம்பகால வரலாற்றுப் பதிவுகளில் இருந்து அறியமுடிகின்றது. சோமையர் சங்கரஐயர் என்பவர் தாம் வாழ்ந்து வந்த தமது பெயரில்இருந்த காணியின் தோம்புப் பதிவினை ஆலயத்தின் பெயரில் 1837ஆம் ஆண்டில் இலக்கம் 836 உறுதியாக மாற்றிக் கொண்டார். 1900 – 1920களிற்கு இடைப்பட்ட காலத்தில் சங்கர ஐயர் பரம்பரையில் வந்த பொன்னுச்சாமி ஐயர் அவர்களால் புன்னாலைக்கட்டுவன் மக்களுடைய சீரிய ஒத்துழைப்புடன் ஆலயத்தை விஸ்தரித்து 1920ஆம் ஆண்டு மகா கும்பாபிசேகப் பெருவிழா நடைபெற்றது. இக்குடமுழுக்குவிழா சிறப்பாக நடைபெறுவதற்கு முழுமூச்சாக நின்றுழைத்தவர் தொல்காப்பியப் புயல் பிரம்ம ஸ்ரீ ச.கணேசையரவர்களாவார். இதனைத் தொடர்ந்து அலங்கார உற்சவங்களும் ஆரம்பிக்கப்பட்டன. பின்னர் சிறிய சிறிய திருப்பணி வேலைகளைச் செய்து 1961 இலும். 1991 இலும் மீண்டும் மஹாகும்பாபிசேகம் நடைபெற்றது. சுவாமி தீர்த்தமாடுவதற்காக புதிய தீர்த்தக்கேணியானது மானஸரோவர் என்னும் பெயர்கொண்டு அமைக்கப்பட்டுள்ளது. இக்கேணியில் இந்தியாவிலுள்ள புனித தீர்த்தங்களான காசி, கங்கை.காவேரி, நர்மதா, சிந்து போன்றவற்றுடன் இலங்கையிலுள்ள புண்ணிய தீர்த்தக்கரைகளது புனித நீரும் சங்கமிக்க வைக்கப்பட்டன. இவ்வாலயத்தின் பரம்பரை நம்பிக்கைப் பொறுப்பாளரான பா.சுந்தராஜசர்மா அவர்கள் தற்போது இவ்வாலயத்தினைப் பராமரித்து வருகின்றார். ஒவ்வொரு வருடத் திலும் ஆனிப் பௌர்ணமி தினத்தைத் தீர்த்தோற்சவமாகக் கொண்டு பதினொரு நாட்கள் வருடாந்த மகோற்சவம் நடைபெற்று வருவது வழக்கம். இவ்வாலயத்தினுடைய வரலாற்றினை மேலும் விரிவாக ஆராய்வதற்கு 1710 ஆம் ஆண்டு கச்சேரி ஆலயப்பதிவுகள் பக்கம் 276, ஆயாக்கடவையான் சரணாகதி மலர், நம்பிக்கைப் பொறுப்பாளர் நியமன உறுதிப்பத்திரம் இல் 4060,344, இராஜகோபுர கும்பாபிஷேக மலர் ஆகிய வற்றினையும் பார்த்தறிந்து கொள்ளமுடியும்.