புங்குடுதீவு கண்ணகி அம்மன் கோவில் அல்லது அருள்மிகு இராஜராஜேஸ்வரி அம்பாள் ஆலயம் என்பது இலங்கையின் வடக்கே புங்குடுதீவில் அமைந்துள்ள வரலாற ;றுச் சிறப்புமிக்க ஆலயம் ஆகும். இவ்வாலயம் புங்குடுதீவு 10 ஆம் வட்டாரத்தில் தெற்குக் கடற்கரை மணற்பரப்பில் ஏறக்குறைய ஆயிரம் பரப்பு நிலத்தில் அமைந்துள்ளது. இலங்கை போர்த்துக்கேயர்களின் ஆட்சிக்கு உட்பட்டிருந்தபோது புங்குடுதீவு நிர்வாகத்தினரில் குறிப்பிடத்தக்கவராக விளங்கிய கதிரவேலு ஆறுமுகம் உடையார் என்பவரால் இக்கோயில் கட்டப்பட்டது. இவருக்கு புங்குடுதீவு கிழக்கில் இருந்து தெற்குக் கடற்கரை வரை காணிகள் இருந்தன. இந்து சமுத்திரத்தின் தென் கிழக்குக் கடற்கரையில் கோரியா என்னும் இடத்தின் ஒரு பகுதியில் அழகிய பேழை ஒன்று கண்டெடுக்கப்பட்டது. அதனுள் கண்ணகி அம்பாள் சிலை ஒன்று காணப்பட்டது. ஆறுமுக உடையார் கிராம மக்களுடன் சேர்ந்து கண்ணகி அம்மனுக்குக் கோயில் அமைக்கும் பணியில் இறங்கினார். கண்ணகி அம்மனை அங்கு பிரதிட்டை செய்து நித்திய பூசைகள் செய்துவழிபட்டனர். மேலும் இவ்வாலயத்தின் வடக்குப்பக்கமாக காவல் தெய்வம் ஆகிய பத்திரகாளி அம்மனுக்கும் சிறிய ஆலயம் ஒன்று அமைக்கப்பட்டது. ஆகமவிதிகளுடன் 1880 ஆம் ஆண்டு சுண்ணாம்புக் கற்களினாலான நிரந்தரக்கட்டடம் அமைக்கப்பட்டு, நித்திய பூசைகள் நடைபெறலாயின. ஆடி மாத பூர நட்சத்திரத்தை அந்தமாகக் கொண்ட பத்து நாட்களுக்குத்திருவிழா நடைபெற்றது.1931 ஆம் ஆண்டு இக்கோயில் புனரமைப்புப் பணிகள் நடைபெற்று, இக்கோயிலின் முதல் குடமுழுக்கு நடத்தப்பட்டது. இக்கோயிலின் கருவறையில் ஸ்ரீ ராஜராஜேஸ்வரி அம்பாளும்,இரண்டாம் மண்டபத்தில் வடக்குப் புறத்தில்தெற்கு முகமாக, தெற்கு வாசலின் ஊடாகச் சமுத்திரத்தை நோக்கியபடி கண்ணகி அம்பாளும் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டனர். 1944 இல் இககோயிலின் இரண்டாவது குடமுழுக்கு நடத்தப்பட்டது. 1957 ஆம் ஆண்டு சுண்ணாம்புக்கட்டடம் முழுவதும் அழிக்கப்பட்டு நிரந்தரக் கட்டடம் அமைக்கப்பட்டு, 1964 இல் குடமுழுக்கும் நடத்தப்பட்டது. 1957 இல் புதிய ராஜகோபுரம் மற்றும் சித்திரத்தேர் பணிகள் நடைபெற்றன.