போர்த்துக்கேயர் 1505 ஆம் ஆண்டில் இலங்கை மண்ணில் காலடி எடுத்து வைத்தனர். 1620 ஆம் ஆண்டில் இவர்கள் யாழ்ப்பாண இராச்சியத்தினைக் கைப்பற்றினார்கள்.தாம் கைப்பற்றும் நாடுகளில் கத்தோலிக்க சமயத்தினைப் பரப்பும் வழக்கமுடைய இவர்கள் மானிப்பாயில் ஒரு ஆலயத்தினைக் கட்டினார்கள்.மானிப்பாயிலே பிரான்ஸ்சிஸ்கன் (Franciscan) சங்கத்தினரால் கட்டப்பட்ட இவ் ஆலயத்திற்கு “Our Lady Do Porto” என்று பெயரிட்டனர். இப்பெயரானது போர்த்துக்கல் நாட்டிலுள்ள Do Porto என்னும் நகரத்தினுடைய பெயரோடு அர்த்தம் கொண்டிருக்கலாம் எனக் கருதப்படுகின்றது. 1656 இல் ஒல்லாந்தர் போர்த்துக்கேயரைத்தோற்கடித்து இலங்கையைக் கைப்பற்றினர். இவர்களுடன் புரட்டஸ்தாந்து மதத்தினைப்பரப்பும் குருவானவர்களும் வந்திருந்தனர். அவர்களில் ஒருவராகிய பல்தேயஸ் என்பவர் சோழமண்டலமும் இலங்கையும் என்னும் தாம் எழுதிய நூலில் “மானிப்பாய் ஆலயம் யாழ்ப்பாணப் பட்டணத்திலிருந்து இரண்டுமணித்தியால நடைத்தூரத்திலும் சங்கானையிலிருந்து ஒரு மணித்தியால நடைத்தூரத்திலும் இருக்கின்றதென்றும் இவ்வாலயம் செங்கற்களினால் கட்டப்பட்டு ஓலையினால் வேயப்பட்டதென்றும் இது இரண்டாயிரம் பேர் இருக்கக்கூடிய பெரிய ஆலயமென்றும் ஆனால்ஞாயிறு வழிபாட்டில் 700 பேரளவில் கலந்து கொள்கின்றனர் என்றும் எழுதியிருக்கின்றார்.மானிப்பாயில் இப்போதிருக்கும் தேவாலயம் 1769 ஆம் ஆண்டில் வட்டுக்கோட்டை (தேவாலயத்தைக் கட்டிய லோறன்ஸ்பில் Laurens Pul) என்ற ஒல்லாந்தரால் கட்டப்பட்டதாகும். 1760 இல் யாழ்ப்பாணக்குடா நாட்டில் 182,226 கிறிஸ்தவர்கள் இருந்ததாக ஒல்லாந்தருடைய அறிக்கைகள் கூறுகின்றன. 1796 இல் ஆங்கிலேயர் இலங்கையைக் கைப்பற்றியவுடன் சமய சுதந்திரத்தை அறிவித்தனர். அவ்வேளையில் 1816 ஆம் ஆண்டில் இங்கு வருகைதந்த அமெரிக்கன் இலங்கைமி~ன் தொண்டர்களுடைய ஆளுகைக்குள் மானிப்பாய் தேவாலயம் வந்தது. ஒல்லாந்தரின் கீழ் இருந்த ஆலயத்தினையும் குருமனையையும் அமெரிக்க மிஷனரிமார் பொறுப்பெடுத்து அவற்றினைத் திருத்திப் பாவிக்க ஆரம்பித்தனர். மானிப்பாயில் இருந்த ஆலயமும் வீடும் திருத்தப்பட்டது. முதன் முதலாக 1818 ஆம் ஆண்டு வண.ஹென்றி வூட்வேட ; (Rev HentryWoodward) அவர்கள் முதற்குருவாக குடும்பத்துடன் குருமனையில் இருந்து பணியை ஆரம்பித்தார். இக்காலத்தில் இவ்வாலயத்திற்கு முன்னால் இருந்த மருத மரத்தடியில் பிள்ளையாரை இந்துக்கள் வழிபட்டு வந்தமை குறிப்பிடத்தக்கது. வண. டீ.ஊ.மெக்ஸ் அவர்கள் சிறைச்சாலையில் செய்த பணியின்போது கிடைக்கப்பெற்ற வேதாகமத்தைப் படித்த கந்தன் என்றகைதியே விடுதலை பெற்றபின் 1823 ஆம் ஆண்டு மாசி மாதம் மானிப்பாய் திருச்சபையில் முதலாவதாகத் திருமுழுக்குப் பெற்றவனாவான். இவரைத் தொடர்ந்து கதிர்காமர் என்பவர் 1824 இல் தனது நான்கு பிள்ளைகளுடன் ஞானஸ்நானம் பெற்று மானிப்பாய் திருச்சபையுடன் இணைந்து கொண்டார். மானிப்பாய் தேவாலயத்தினை மையமாகக் கொண்டுபல்வேறு சமூகப் பணிகளும், சமயப்பணிகளும் வளர்ச்சி கண்டன. 1831-03-30 ஆம் நாள் ஆலயமும் குருமனையும் தீயில் எரிந்தது. அக்கினிச் சேதம் 1831 இல் ரூபா 12,000 எனக்கணக்கிடப்பட்டது. அமெரிக்கன் மிஷனால் யாழ்ப்பாணத்தில் நடத்தப்பட்ட இவ்வாறான பணிகள் அனைத்தும் 1907 ஆம் ஆண்டு உருவான தென்னிந்திய ஐக்கிய சபையின் யாழ்ப்பாணச் சபா சங்கமாக மாற்றம் பெற்றன. 1947 ஆம் ஆண்டு சபை ஆளுகை முறையில் நடைபெற்று வந்த ஆன்மீகப் பணிகளில் பெருமாற்றம் ஏற்பட்டது. 1947 செப்டெம்பர் 27 ஆம் திகதி தென்னிந்திய திருச்சபை உருவானபோது எமது சபா சங்கமும் இணைந்து கொண்டு யாழ்ப்பாணப் பேராயமானது. 60 வருடங்கள் நடைபெற்ற பேராயராளுகையில் இருந்து மானிப்பாய் ஆலயமும் சபை மக்களும் 2007 ஜூலை 25 ஆம் திகதி உத்தியோகபூர்வமாக மறுபடியும் சபையாளுகை முறையினைக் கொண்ட தாய்த்திருச்சபையாகிய அமெரிக்கன் மி~னுடன் இணைந்து கொண்டனர்.