யாழ்ப்பாணத்து வண்ணார்பண்ணை வைத்தீஸ்வரர் ஆலயம் 18 ஆம் நூற்றாண்டின் இறுதிப் பகுதியில் வைத்திலிங்கம் செட்டியார் என்பவரால் கட்டுவிக்கப்பட்டது. யாழ்ப்பாணத்துத் தமிழரசர் காலத்துக்குப் பின், இந்துக் கோயில்கள் அனைத்தும் போர்த்துக்கீசரால் இடித்துத் தள்ளப்பட்ட பின்னர், சுமார் 160 ஆண்டுகள் கழித்துக்கட்டப்பட்ட முதல் கோயில்களில் இதுவும் ஒன்று. இது வண்ணார்பண்ணைச் சிவன் கோயில் எனவும் பரவலாக அறியப்படுகின்றது.யாழ்ப்பாணத்தை ஒல்லாந்தர் ஆண்ட காலத்தில், சோழ நாட்டிலிருந்து யாழ்ப்பாணம் வந்தவர் கோபாலச் செட்டியார். இவர் அங்கே வியாபாரம் செய்துவந்தார். இவ்வியாபாரம் மூலம் அக்காலத்தில் யாழ்ப்பாணத்திலிருந்த ஒல்லாந்த தேசாதிபதியின் தொடர்பு இவருக்குக் கிடைத்தது. இவருடைய மகன் வைத்திலிங்கன். இவர் சிறுவனாக இருந்தபோது இவரைக் கண்ட தேசாதிபதியின் மனைவி அவரை வீட்டுக்கு அழைத்துச் சென்றார். அவர்களுக்குப் பிள்ளைகள் இல்லாமையால் தேசாதிபதியின் மனைவி அவரைத் தம் மாளிகையிலேயே வளர்த்து வந்தார். வளர்ந்து பெரியவனான பின்னர், தேசாதிபதியின் பரிந்துரையின்படி மூன்று முறைகள் முத்துக்குளிக்கும் குத்தகையைப் பெற்றுத் திறம்பட நடத்தி நல்ல இலாபம் பெற்றார். இவ்வாறு சம்பாதித்த செல்வத்தின் ஒரு பகுதியை, இவருடைய நண்பராயிருந்த கூழங்கைத் தம்பிரான் என்பவரின் ஆலோசனைப்படி, சிவபெருமானுக்குக் கோயிலமைப்பதில் செலவிட எண்ணினார். 1787 இல் இக்கோயில் அமைந்திருக்கும் நிலத்தை வாங்கி கோயில் திருப்பணியைத் தொடங்கினார்.1790 ஆம் ஆண்டில் கோயில் கட்டடப்பணி நிறைவேற்றப்பட்டு வைத்தீஸ்வரப் பெருமானையும், தையல்நாயகி அம்மனையும் பிரதிஸ்டை செய்து வைத்தார். யாழ்ப்பாணம் வண்ணார்பண்ணை வைத்தீஸ்வரன் கோவிலிலேயே ஸ்ரீலஸ்ரீ ஆறுமுகநாவலர் அவர்கள் தமது முதலாவது பிரசங்கத்தை 31 டிசம்பர் 1847 ஆம் ஆண்டு நிகழ்த்தினார்.
