கொக்குவில் காங்கேசன்துறை வீதியில் பரிசுத்த திருத்துவ ஆலயத்திற்கு முன்னால் செல்லும் வீதியில் இவ்வாலயம் அமைந்துள்ளது.ஏறக்குறைய 200 ஆண்டுகளுக்கு முன்னர் இவ்விடத்தில் நித்தியம் நிறைந்த ஓர் பாரிய முதலிமரம் நின்றதாகவும் அவ்விருட்சத்தில் அம்மையும் அப்பனும் உடனுறைந்து அருள் பாலித்ததாகக் கூறும் ஐதீகத்தின் பிரகாரம் 1810 ஆம் ஆண்டளவில் வல்லிபுரம் என்ற பெரியார் குறிப்பிட்ட முதலி மரத்தின் கீழ் வேல் ஒன்றினை நிறுவி வழிபட்டதாகவும் அம்மரத்தின் பெயரால்முதலி கோயில் எனவும் அழைக்கப்படலாயிற்று. ஒவ்வோராண்டும் வைகாசி மாதத்தில் பதினைந்து நாட்கள் அலங்காரத்திருவிழா நடைபெற்றுவருவது வழக்கம்.