1923 இல் காலியில் எழுந்தருளியுள்ள மீனாட்சி சமேத சோமசுந்தரரேஸ்வரப்பெருமான் ஆலயத்தில் கடமையாற்றிய ஸ்ரீ மார்க்கண்டேயக் குருக்கள் அவ்வாலய நிர்வாகத்தினருடன் ஏற்பட்ட முரண்பாடு காரணமாக அவ்வாலயத்தினை விட்டு வெளியேறி புங்குடுதீவிற்கு வந்து தனது மனைவியுடன் காசிநகரம்சென்று கங்கையிலே நீராடிய வேளை கரும்பொன் சிவப்பு நிறமுடைய சிவலிங்கமொன்று கிடைத்தது. இச்சிவலிங் கத்தினை வைத்து அமைத்த ஆலயமே கிராஞ்சியம்பதி சிவன்கோயிலாகும்.
